两者的区别：
膜生物反应器（MBR）是一种由膜分离单元与生物处理单元相结台的新型水处理技术，以膜组件取代二沉池（或滗水器）在生物反应器中保持高活性污泥浓度减少污水处理设施占地，并通过保持低污泥负荷减少污泥量。属于活性污泥法+膜分离。
载体流动床移动床生物膜反应器（MBBR），其原理是通过向反应器中投加一定数量的悬浮载体，提高反应器中的生物量及生物种类，从而提高反应器的处理效率。由于填料密度接近于水，所以在曝气的时候，与水呈完全混合状态，另外，每个载体内外均具有不同的生物种类，内部生长一些厌氧菌或兼氧菌，微生物生长的环境为气、液、固三相。载体在水中的碰撞和剪切作用，使空气气泡更加细小，增加了氧气的利用率外部为好养菌，这样每个载体都为一个微型反应器，使硝化反应和反硝化反应同时存在，从而提高了处理效果。
MBBR的核心就是增加填料，独特设计的填料在鼓风曝气的扰动下在反应池中随水流浮动，带动附着生长的生物菌群与水体中的污染物和氧气充分接触，污染物通过吸附和扩散作用进入生物膜内，被微生物降解。附着生长的微生物可以达到很高的生物量，因此反应池内生物浓度是悬浮生长活性污泥工艺的数倍，降解效率也因此成倍提高。属于生物膜法。
处理效率方面比较
从有机物的去除方面：
两种工艺对COD、BOD、氨氮都有较高的去除率。MBR工艺依靠的是其较高的污泥负荷，MBBR工艺依靠的是其填料上的生物膜。
TN、TP去除率：
MBBR工艺对TN去除效果较好，TP去除需要依靠加药化学除磷MBR工艺对TN的去除需要依靠前端生物法的去除，MBR膜本身对TN并没有去除效果。对TP去除也需要依靠前端加药化学除磷。
SS的去除：
MBBR对SS没有去除效果，需要依靠后端的超滤膜工艺来去除SS；MBR膜能够较好的去除SS。
成本处理的对比
MBBR工艺中的填料一次投加即可，后续运行中只需要加强填料上的生物膜管理即可。建设期投入较大，运营维护简单。
MBR工艺：膜组器使用寿命一般在4-5年，更换周期较短。日常运行管理时需对膜组器进行化学清洗、离线清洗等维护工作，运行管理难度较大。并且费用较高，每年在膜组器的维护及更换费用上平均费用在百万以上。
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